Au tournant des XVIIe et XVIIIe siècles, l’histoire de l’Europe est marquée par une succession de guerres entre Etats, d’affrontements sociaux, religieux ou politiques intérieurs, de crises économiques et d’épidémies parfois aussi meurtrières que les conflits. Apparemment, les combats sanglants entre les souverains qui dominent le continent ne touchent pas ou guère la Confédération suisse. Les XIII cantons, leurs alliés et les pays sujets, communs ou particuliers, constituant le « Corps helvétique », semblent rester à l’abri de la neutralité. Non seulement Bienne mais aussi toute la principauté épiscopale de Bâle bénéficient alors de cette protection diplomatique, renforcée peu après par l’organisation de la défense armée du territoire confédéral. Les conséquences, politiques, économiques et sociales des bouleversements européens s’y firent néanmoins sentir comme presque partout ailleurs. La Suisse, l’Évêché de Bâle et Bienne n’échappèrent pas non plus aux difficultés sociales et aux changements économiques engendrés par la dernière période du Petit âge glaciaire, dominée par une alternance d’hivers très rigoureux, de printemps froids et pluvieux et de canicules.

La guerre des paysans, en 1653, constitue un exemple des effets d’événements à la fois climatiques et extérieurs à la Confédération sur sa situation intérieure. Le soulèvement populaire, causé par une inflation générale et une dévaluation monétaire consécutive dans certains cantons, se transforme en un extraordinaire mouvement de revendications sociales et politiques. La rébellion armée des campagnes, surtout bernoises et lucernoises, sera apaisée par traîtrise et noyée dans le sang par les villes menacées, notamment avec l’aide des contingents biennois et erguëliens.

Les annexions territoriales de la France ont également pour conséquence une émigration, surtout de protestants d’Alsace et de Franche-Comté, notamment vers les régions réformées de l’Évêché de Bâle et de la Suisse. Bienne accueille les Thouvenin et les Watt, commerçants venus de Sainte-Marie aux Mines à la fin de la Guerre de Trente Ans. Les Chemilleret, industriels de Besançon réfugiés d’abord dans le Montbéliard, puis dans l’Evêché, les suivent dans les années 1650 ainsi que les Bitto, artisans de Strasbourg, dans la décennie suivante. Reçu habitant en 1665, Daniel, peintre, sera admis à la bourgeoisie vingt ans plus tard avec ses deux fils. En revanche, la ville refusa l’habitation en 1671 à Isaak Bitto, orfèvre, pourtant marié à une bourgeoise, parce qu’il n’y avait pas suffisamment de travail dans ce métier et parce que deux autres jeunes artisans faisaient alors leur tour de compagnonnage.

Sur le plan intérieur, les tensions entre cantons, partagés en deux camps confessionnels et opposés sur nombre de questions communes, restent vives. Elles débouchent sur deux brefs affrontements, en 1656 et 1712, à Villmergen. La première de ces « guerres », à la fois religieuses et civiles, tourne à l’avantage des sept Etats catholiques. Uri, Schwytz, Unterwald, Lucerne, Zoug, Fribourg et Soleure sont unis depuis 1586 dans la Ligue d’Or, renforcée d’Appenzell Rhodes-Intérieures dès 1600. Ce pacte est renouvelé en 1655 sous le patronage de Charles Borromée, dont le nom servira dorénavant à désigner la ligue. Il inclut aussi la partie catholique de Glaris. Il s’étend indirectement à la principauté épiscopale de Bâle, unie depuis 1579 aux sept cantons catholiques par une alliance séparée, également reconduite en 1655.

La seconde guerre de Villmergen, dite aussi du Toggenbourg, est remportée, au contraire, par les cantons protestants, essentiellement par Zurich et Berne. Les deux Etats concluent la même année 1712 une alliance avec les Provinces-Unies. Avec les autres cantons réformés de Bâle, Schaffhouse et Glaris, les cinq constituent une autre ligue, évangélique, qui se réunit, comme celle des catholiques, en Diète séparée. Un demi-canton, Appenzell Rhodes-Extérieures, et deux alliés proches, les villes de Saint-Gall et de Bienne, qui possèdent toutes deux un siège à la Diète fédérale, renforcent leur union. Des traités particuliers, de combourgeoisie, avec Genève, Neuchâtel, les villes et bailliages méridionaux de l’Évêché de Bâle, Mulhouse et Strasbourg, complètent l’alliance protestante. Leur victoire de 1712 marque la fin d’une époque, dominée diplomatiquement par l’alliance commune avec Louis XIV, reconduite en 1663, mais qui ne sera pas renouvelée avec son successeur. Elle correspond aussi à un moment de développement de l’économie helvétique, caractérisé par une spécialisation des régions agricoles, un premier décollage des activités industrielle et le début d’une politique de placements financiers des cantons à l’étranger.

Depuis le milieu du XVIIe siècle et jusqu’au tout début du suivant, la principauté épiscopale de Bâle figure, dans son ensemble, parmi les membres du Corps helvétique. Sa position en Europe et à l’égard de la Suisse change beaucoup par la suite, de même que son statut par rapport à la Confédération. Prince d’Empire et dignitaire de l’Eglise romaine, le souverain de ce que l’on appelle abusivement l’«Évêché (de Bâle)» ou, un peu par dérision, «principauté de Porrentruy», a conclu une alliance avec les cantons catholiques en 1579, régulièrement renouvelée depuis. La guerre de Trente Ans (1618-1648) révéla l’insuffisance de protection et de secours de ce traité avec une partie de la Confédération. L’Évêché fut envahi à plusieurs reprises par les belligérants. Impériaux, Français, Suédois l’occupèrent successivement ou conjointement, poussant parfois leurs incursions jusqu’en Erguël ou dans la Prévôté de Moutier-Grandval. Bienne ainsi que les villes, bailliages et seigneuries avoisinantes de la principauté furent épargnées.

Le prince-évêque Jean-Henri d’Ostein, qui régna de 1628 à 1646, dut abandonner sa principauté et la plus grande partie de ses revenus en 1634. Ce n’est qu’en 1640, qu’il récupéra ceux de l’Erguël. L’intervention de ses alliés catholiques lui permit, en 1646, de retourner dans ses Etats, où il décède le 26 novembre de la même année. Malgré l’aide sollicitée de toute la Confédération pour les recouvrer en totalité, une partie des droits, biens et revenus de l’Évêché reste néanmoins aux mains des Français. Le pouvoir de son successeur, Béat-Albert de Ramstein (1646-1651), fut renforcé par la Paix de Westphalie, qui reconnut aussi l’indépendance des cantons suisses.

Le traité établit les bases juridiques de la souveraineté territoriale, diplomatique et religieuse des membres de l’Empire. Il les autorisa à conclure des alliances entre eux ou avec l’étranger ainsi qu’à imposer leur religion, catholique, luthérienne ou calviniste, à leurs sujets. Mais en attribuant, même temporairement, le Sundgau ou Haute-Alsace à la France, qui devait normalement rendre cette région en 1704, il affaiblit aussi l’Évêché et son souverain. Depuis lors, la principauté épiscopale de Bâle constitua une enclave de l’Empire entre la France et la Confédération, dorénavant indépendante de l’Empire romain germanique. Avec la Franche-Comté, toujours espagnole, et la principauté de Neuchâtel, pas encore prussienne, elle représentait à la fois un rempart avancé (Vormauer) de la Suisse et une zone possible d’extension pour la France.

Il fallut attendre 1650 pour voir la garnison française quitter Porrentruy et restituer les villes, châteaux et forges de l’Évêché à son souverain. A l’exception des villages de Lowenbourg, Roggenbourg et Soyhières, que la France lui rendit, le prince-évêque perdit alors le reste du comté de Ferrette ainsi que l’abbaye de Lucelle, qui se détacha de plus en plus de lui. Revenu à Porrentruy en 1651, Béat-Albert de Ramstein y mourut en août de la même année. C’est en vain que ses successeurs, Jean-François de Schönau (1651-1656), Jean-Conrad de Roggenbach (1656-1693) et Guillaume Jacques Rinck de Baldenstein (1693-1705) réclamèrent la restitution du comté de Ferrette aux traités des Pyrénées (1659), de Nimègue (1678) et de Ryswick (1697).

Devant le risque d’invasion, d’occupation, voire d’annexion ou de démembrement qui menaçaient leur Etat, ces trois princes-évêques poursuivirent la même politique de rapprochement avec la Suisse. Leur alliance particulière avec la Ligue d’Or et celle des XIII cantons avec la France constituèrent cependant des obstacles à une union plus étroite. Les divisions et rivalités internes de la Confédération empêchèrent aussi l’adhésion de l’Évêché au rang de canton, aux côtés de Neuchâtel et Genève. A défaut, la principauté épiscopale de Bâle bénéficia, en tout ou en partie, de la neutralité helvétique, voire de la protection militaire des Suisses au cours des guerres successives qui se déroulèrent à ses frontières. Aucun problème politique majeur ne vint troubler la paix intérieure, si ce n’est, en 1670, une brève querelle en Prévôté avec les Bernois. Le changement se produit à l’aube du XVIIIe siècle.

La révocation de l’Edit de Nantes, les guerres intestines qui s’ensuivent en France, le Refuge des protestants en Suisse et dans les Etats allemands, la succession de Neuchâtel, éloignent les cantons réformés de l’alliance avec Louis XIV, réduite en 1715 à un pacte confessionnel avec la Ligue d’Or. Le danger d’hégémonie de la France entraîne l’Europe dans une nouvelle guerre, celle de succession d’Espagne, qui modifie l’équilibre des forces sur le continent. En Suisse, Zurich et Berne s’imposent comme les cantons dominants, notamment grâce à leur victoire sur les Etats catholiques à Villmergen, en 1712. Dans l’Évêché, les litiges, affaires, troubles, puis soulèvements surviennent en nombre sous le règne de Jean-Conrad de Reinach-Hirtzbach (1705-1737). Ils touchent d’abord et successivement toutes les villes et bailliages réformés avant de s’étendre, dès 1724, aux régions catholiques. Ces événements vont contribuer à éloigner l’Évêché de la Suisse et à le rapprocher de la France.

En 1712, les cantons catholiques perdent leur hégémonie en Suisse tout en s’alliant à la France en 1715 dans un traité séparé contenant des clauses secrètes dirigées contre leurs adversaires réformés. Les conséquences de ce changement sont considérables, aussi bien pour l’ensemble de la Confédération que pour l’Évêché de Bâle et la ville de Bienne. Alors que les Suisses protestants se sont éloignés de la France, surtout après la Révocation de l’Edit de Nantes (1685), le prince-évêque, lui, est contraint de s’en rapprocher, par défaut d’aide militaire de ses alliés suisses et de l’Empire, puis sous la pression des troubles intérieurs dans ses Etats. En 1737, il abandonne même définitivement l’alliance helvétique, dite aussi « chrétienne », renouvelée pour la dernière fois en 1715-1717, avec les Sept cantons au profit d’une autre, plus étroite et plus dangereuse, avec Louis XV.

L’Évêché, uni tout entier aux cantons catholiques dès 1579 et au système commun de défense du Corps helvétique entre 1652 et 1659, puis inclus temporairement dans la neutralité suisse en cas de menace extérieure, dont l’adhésion formelle à la Confédération a été rejetée pour la troisième fois en 1703, perd ensuite son statut de rempart ou de zone-tampon (Vormauer) de la Suisse. Détaché territorialement de l’Empire, s’éloignant de l’alliance avec les cantons catholiques, il se rapproche, faute de mieux, de la France, dont il devient, contrairement à Neuchâtel, un satellite. Ne subsistent alors, comme liens avec la Confédération, que les traités antérieurs de combourgoisies des villes, seigneuries et bailliages épiscopaux avec les cités suisses. Ceux unissant les sujets réformés de l’Évêché avec Berne sont particulièrement importants. Du côté catholique, il ne subsiste pratiquement plus que la combourgeoisie de l’abbaye de Bellelay avec Soleure. Les traités entre régions ou institutions religieuses de confession différente sont tombés en désuétude. Une seule a été régulièrement renouvelée jusque là, celle interne à l’Évêché entre Bienne et Bellelay, qui ne semble pas avoir résistée non plus aux tensions et troubles du début du XVIIIe siècle.

Dans ce cadre géopolitique, Bienne, combourgeoise perpétuelle de Fribourg et Soleure, mais surtout de Berne, sa voisine et coreligionnaire, occupe géographiquement et historiquement une place singulière. Sa position institutionnelle, déterminée par des alliances et des traités anciens presque intangibles, n’en évolue pas moins en regard des changements politiques, diplomatiques et économiques qui s’opèrent alors en Europe et dans la Confédération. En revanche, l’espace et l’environnement dans lesquels s’inscrivent la ville et ses habitants n’évoluent que très lentement, suivant un rythme dicté davantage par la nature que par les hommes, imposé parfois par des accidents.

Heureusement, les séismes furent rares à cette époque et sans grandes conséquences. Quoique craintes et toujours redoutées, les inondations régulières de la Suze ne mirent non plus jamais véritablement en danger ni les murs, ni les habitations, ni la population, contrairement aux épidémies et aux incendies, bien plus dangereux et meurtriers. Durant cette période pourtant, la véritable et implacable menace ne vint pas plus de la Terre que de la Nature, des États européens en guerre que des princes-évêques, éminemment pacifiques d’ailleurs, des populations alentour que des Biennois eux-mêmes, mais du climat.

Dans l’historiographie biennoise, l’image qui se dégage pour cette période ainsi que pour les années qui la précèdent et la suivent immédiatement est contrastée et même contradictoire à certains égards. Le sentiment dominant des historiens est celui d’une continuité, politique, institutionnelle, dans un environnement géographique et un cadre économique, religieux et culturels presque intangibles, malgré quelques crises. Dans le détail, ils signalent pourtant beaucoup de changements, qui, à leurs yeux, ressemblent parfois à des bouleversements annonciateurs de révolutions à venir. Cette vision d’une échéance, politique ou religieuse, inéluctable de toute société, voire de l’humanité toute entière, entraîne quelques déformations. Elle privilégie les éléments discontinus, particuliers, voire étranges du passé alors que, dans l’ensemble, les faits ne font que traduire une adaptation nécessaire au contexte européen et suisse ou aux circonstances climatiques et économiques.

Les événements intérieurs, propres à la cité et à ses habitants, mais surtout extérieurs, dont on cherche soit à se prémunir, soit à se protéger, imposent des transformations. L’action des autorités et de la population répond surtout aux contraintes matérielles de la vie quotidienne et du travail, qu’il faut assurer avant tout, en essayant, si possible, d’en améliorer les conditions. Se muant parfois en véritable lutte pour la survie, elle privilégie essentiellement les familles et les ressortissants d’origine, qui défendent ardemment leurs privilèges par rapport aux autres habitants, exclus des corporations, des conseils et des autorités, et leurs droits par rapport à leurs voisins ou leur souverain. A Bienne comme ailleurs à cette époque, elle tend à l’exclusion, économique et sociale, des étrangers, à la restriction de l’accès à la bourgeoisie, même par mariage et pour les femmes, et au protectionnisme, aussi bien au sein des différents corps de métiers organisés, que sur les marchés de la ville. Les pauvres et mendiants attirés par la ville sont rejetés sans pitié. Entre habitants, les comportements atypiques provoquent presque automatiquement des doutes, voire des soupçons de déviances, religieuses ou sataniques, et des enquêtes pour sorcellerie qui se terminent parfois sur le bûcher. Même avec des coreligionnaires et habitants de la mairie de Bienne, comme les communiers de Boujean, on se révèle intraitable lorsqu’il s’agit de défendre les artisans bourgeois du lieu. En revanche, on se mobilise pour les coreligionnaires chassés ou volontairement exilés, en particulier pour les Vaudois du Piémont, que l’on soutient diplomatiquement et financièrement, que l’on loge et nourrit même provisoirement, le temps de leur trouver une autre terre d’accueil plus permanente, au-delà des frontières helvétiques.

Les cités et villages proches de l’Evêché ou du canton de Berne, ne se comportent pas autrement, parfois au mépris des droits du souverain, des autres membres de l’Etat ou de ceux du voisin. Il en résulte des litiges permanents et des conflits de toutes sortes, mesurables jusque dans les moindres détails de la vie quotidienne, soumise à des ordonnances de plus en plus contraignantes. La tension est palpable, aussi bien à l’interne, entre habitants d’origine, de milieux et de statuts différents, qu’à l’externe. Elle est alimentée par des crises de subsistance, à commencer par celles qui font suite aux terribles hivers de 1693-1694, des conflits extérieurs (Guerre des Cévennes de 1685 à 1715, Guerre de la Ligue d’Augsbourg de 1688 à 1697, Guerre de succession d’Espagne de 1701 à 1714), des menaces d’intervention militaire en Suisse (succession de Neuchâtel) et des conflits entre cantons qui amèneront à des guerres, civiles, comme celle des Paysans en 1653 ou celles, confédérales, de Villmergen de 1656 et 1712. Sur place, elle dégénère parfois en émeutes populaires, en batailles de rue entre factions opposées et en règlement de comptes personnels ou familiaux.

Dans ce climat, les autorités biennoises semblent avoir eu tendance à agir et à réagir avec vigueur, en réglementant beaucoup, en interdisant souvent et en renforçant les mesures de surveillance, de garde ou de contrôle. Elles manifestent aussi un penchant à régler les choses à leur manière, essentiellement hors de la haute juridiction épiscopale et impériale, en s’appuyant sur leurs alliés suisses et en recourant avant toute chose et presque systématiquement aux conseils de leurs combourgeois de Berne. Les princes-évêques, leurs souverains légitimes, s’en offusquent et tentent de défendre leur autorité et celle de leurs représentants sur place, en considérant les intérêts de l’ensemble de l’Evêché, non seulement dans la mairie et aux alentours, dans les bailliages, villes et seigneuries voisins d’Erguël, d’Orvin, de la Montagne de Diesse et de La Neuveville, mais plus généralement à l’égard de la Suisse, précisément de leurs alliés et coreligionnaires catholiques.